Um die vielfältigen Aufgaben erfüllen zu können sind Biosphärenparks in Zonen eingeteilt: 

Entwicklungszone 2.587 ha (13,5 %)
Der Lebens-, Wirtschafts- und Erholungsraum für die Menschen. Zur Entwicklungszone gehört der gesamte Dauersiedlungsraum des Großen Walsertals.

Pflegezone 13.331 ha (69,5 %)
Die Pflegezone wird aus durch die traditionelle Dreistufenwirtschaft geprägter Kulturlandschaft gebildet, die für eine Vielzahl von Tieren und Pflanzen Lebensraum sind – und es durch naturnahe Landwirtschaft auch bleiben sollen. Im Großen Walsertal sind das vor allem Bergwälder, Alpweiden und traditionell genutzte Bergwiesen.

Kernzone 3.304 ha (17 %)

Sie besteht aus Ökosystemen, die sich möglichst ohne Eingriffe des Menschen entwickeln sollen. Im Großen Walsertal sind das die Naturschutzgebiete Gadental und Faludriga-Nova, der Gebirgsfluss Lutz, das Gebiet Kirschwald-Ischkarnei, der Moorkomplex Tiefenwald und die Rote Wand, der höchste Berg des Tales. Durch die Zonierung sind keinerlei neue Bestimmungen dazu gekommen, jedes dieser Gebiete hatte schon vor der Zonierung einen besonderen naturschutzrechtlichen Schutzstatus.